ในมาตรา 20 แห่งพระราชบัญญัติฯในการดำเนินงาน ได้กำหนดให้มีสภาสถาบัน มีองค์ประกอบ ดังนี้

นายกสภาสถาบัน
กรรมการสภาสถาบันผู้ทรงคุณวุฒิที่แต่งตั้งจากบุคคลภายนอก จำนวน 12 คน
อธิการบดี ประธานสภาคณาจารย์และพนักงาน และนายกสมาคมศิษย์เก่า สจล.
กรรมการสภาสถาบัน จำนวน 2 คน ซึ่งเลือกจากหัวหน้าส่วนงาน 1 คน และผู้แทนจากพนักงานสถาบัน จำนวน 1 คน
และให้สภาสถาบันเลือกกรรมการสภาสถาบันผู้ทรงคุณวุฒิ 1 คน เป็นอุปนายกสภาสถาบัน เพื่อทำหน้าที่แทนนายกสภาสถาบันเมื่อนายกสภาสถาบันไม่อาจปฏิบัติหน้าที่ได้
และเพื่อให้การดำเนินงานของสภาสถาบัน เป็นไปด้วยความเรียบร้อยและมีประสิทธิภาพ สภาสถาบันสามารถแต่งตั้งรองอธิการบดี 1 คน ทำหน้าที่เป็นเลขานุการ และให้หัวหน้าสำนักงานสภาสถาบันเป็นผู้ช่วยเลขานุการ